成立：
1.南化區衛生所依據民國三十七年十二月十日公佈之台灣省各縣市衛生
2.機關組織規於民國四十年五月成立。
3.民國四十九年一月改為鄉公所附屬機關。
4.民國六十四年七月改隸屬台南縣衛生局迄今。
興建：
1.民國四十年成立之初，衛生所暫位於國民黨南化鄉民眾服務站旁（南化鄉南化村157號），之後再遷往現今鄉公所之現址（南化鄉南化村230號）。
2.民國五十八年七月於果菜市場旁興建新辦公室（現址：南化鄉南化村88號）。
3.民國七十七年六月再於南化村226-1號重建新衛生所辦公廳舍，土地由鄉公所向國有財產局撥用，面積零玖公畝貳柒平方公尺，於民國七十八年三月落成啟用迄今。
歷任主任：戴梯醫師、楊秋雄醫師、邱繼徽醫師、陳培元醫師、郭瑞烈醫師、曹靜之醫師、黃守正醫師、陳沛仁醫師、沈祐緯醫師、胡宛屏醫師、林文欽醫師、陳吉川醫師、吳金倉醫師
所長：蔡淑娟護理師代理所長